Αλλά το εκπληκτικό με την Αγία Σοφία, όπως φαντάζει μεγαλοπρεπέστατη, είναι το πως παραμένει σταθερή στην θέση της επί τόσους αιώνες παρά τους τόσους μεγάλους σεισμούς που δοκίμασαν την αντοχή της. Κατά καιρούς πολλοί Τούρκοι αλλά και Ευρωπαίοι μελετητές προσπάθησαν να εξηγήσουν αυτό το αρχιτεκτονικό θαύμα. Είναι γεγονός πως σε διεθνές επίπεδο αλλά και για τους ίδιους τους Τούρκους και σύμφωνα με τα πορίσματα αυτών των ερευνών όπως αναφέρονται από το τουρκικό υπουργείο Πολιτισμού, για το κτίσιμο και για τα θεμέλια της Αγίας Σοφίας εφαρμόστηκαν τεχνικές πρωτόγνωρες και «μυστήριες» για τα τότε, αλλά ακόμα και για τα σημερινά δεδομένα, γεγονός που φανερώνει τη μαγική άξια του κτίσματος.
Είναι χαρακτηριστικό πως 1600 χρόνια περίπου μετά το κτίσιμο του ναού, ο μεγάλος σεισμός της 17ης Αυγούστου 1999 που έγινε στην Τουρκία δεν πείραξε καθόλου τα θεμέλια της Αγίας Σόφιας, ενώ έκανε μεγάλες ζημιές στα έργα ανακαίνισης που είχαν γίνει τα τελευταία 14 χρόνια, με αποτέλεσμα να γκρεμιστούν όλοι οι αναπαλαιωμένοι σοβάδες και να έχει δημιουργηθεί μεγάλο πρόβλημα στις εργασίες ανακαίνισης του ιστορικού κτίσματος. Το γεγονός αυτό απέδειξε και την κακή δουλειά που είχε γίνει από αυτούς που είχαν αναλάβει τις εργασίες αναπαλαίωσης του μνημείου, εργασίες που είχαν αρχίσει ουσιαστικά από το 1980 και τα τελευταία χρόνια είχαν προστεθεί νέοι σοβάδες σε πολλά τμήματα του βυζαντινού ναού. Έτσι παρουσιάστηκε το ιδιαίτερο φαινόμενο να πληγούν από τον μεγάλο σεισμό τα έργα αναπαλαίωσης, ενώ οι ιστορικές βάσεις να μείνουν ανέπαφες. Οι μελετητές έδωσαν μεγάλη σημασία στη μελέτη των παλαιών θεμελίων, γιατί όπως τονίστηκε θα βγούνε πολλά χρήσιμα συμπεράσματα από την αντοχή που επέδειξε το θαυμάσιο αυτό μνημείο στον τελευταίο σεισμό.
Αλλά η Αγία Σόφια, όπως φαίνεται και από το ιστορικό που παρέθεσαν οι ίδιοι οι Τούρκοι, έχει αντέξει και σε παλαιοτέρους σεισμούς χωρίς να υποστεί σοβαρές ζημιές. Συγκεκριμένα, τον Αύγουστο του 553 μ.Χ. γίνεται μεγάλος σεισμός στην Κωνσταντινούπολη. Η Αγία Σοφία εκτός από μικροζημιές δεν έχει σοβαρές βλάβες. Μεγάλο σεισμός γίνεται στις 14 Δεκεμβρίου 557. Ο ιστορικός ναός παθαίνει μικρές ζημιές. Ιανουάριος 869. Από τον μεγάλο σεισμό πέφτει ο ένας μικρός τρούλος. Οκτώβριος 1344. Γίνεται μεγάλος σεισμός και παθαίνει ζημιές η ανατολική πτέρυγα. 10 Ιουλίου 1894. Η Αγία Σόφια είναι πια μουσουλμανικό τέμενος. Γίνεται μεγάλος σεισμός και πέφτουν μεγάλα κομμάτια από το μωσαϊκό και κομμάτια τοίχου. Για μικρό χρονικό διάστημα το τέμενος κλείνει για να επιδιορθωθεί. 1931. Αρχίζουν οι εργασίες επανεμφάνισης των ψηφιδωτών εικόνων, ενώ στις 1 Φεβρουαρίου 1935, ο ιστορικός ναός ανακηρύσσεται από τον Κεμάλ Ατατούρκ, μουσείο.
Τους τελευταίους μήνες έχει αρχίσει να ξετυλίγεται ένα νέο μυστήριο σχετικά με τις υπόγειες διόδους της Αγίας Σοφίας για τις οποίες μερικοί Τούρκοι αρχαιολόγοι και ερευνητές υποστηρίζουν ότι φτάνουν μέχρι... τα Πριγκηπόνησα και ότι είναι άλλο ένα από τα θαύματα της Αγίας Σοφίας που είχε κατασκευαστεί από τους βυζαντινούς αυτοκράτορες για περιπτώσεις εκτάκτων καταστροφών, σαν διάδρομος διάσωσης των ιερών κειμηλίων, αλλά και των πιστών του μεγάλου αυτού ναού. Όλη αυτή η καινούργια ιστορία έχει προκαλέσει μια αναζωπύρωση παλιών θρύλων σχετικά με την Αγία Σοφία και την αποκατάστασή της στον παλιό της ρόλο σαν σύμβολο του ελληνορθόδοξου κόσμου
