Πρώτες ύλες από τη Ρόδο και ειδική τεχνική από την Ανατολή συνδυάστηκαν για να δημιουργηθούν οι οπτόπλινθοι στον σημερινό, δεύτερο, τρούλο της Αγίας Σοφίας, καθώς ο πρώτος κατέρρευσε από σεισμό. Για να αποδειχθεί ο θρύλος που ήθελε τα τούβλα του τρούλου να κατασκευάζονται με ειδική παραγγελία, οι ερευνητές συνέκριναν τα δομικά υλικά της Αγίας Σοφίας με σύγχρονα κτίσματα από την Πόλη και τη Ρόδο. Τα αποτελέσματα έδειξαν πως κατά 95% οι πρώτες ύλες προέρχονται από τη Ρόδο, είναι εμπλουτισμένες σε άργιλο και μπορούν να δώσουν οπτόπλινθους συμπαγείς και με υψηλή αντοχή. Όσο για την τεχνική όπτησης (ψησίματος των τούβλων) έχει τις ρίζες της στην Ανατολή όπου η συγκεκριμένη τεχνογνωσία ήταν ιδιαιτέρως αναπτυγμένη.
Δεύτερο αντισεισμικό μυστικό της Αγίας Σοφίας ήταν τα κονιάματα από ημι-αποκρυσταλλοποιημένο υλικό που έχει την ιδιότητα να απορροφά την ενέργεια του σεισμού, εξηγεί η κ. Μοροπούλου. Τα κονιάματα αυτά μάλιστα, αφού αναλύθηκαν, ξαναγεννήθηκαν βελτιωμένα στα εργαστήρια. Το αποτέλεσμα ήταν να αντιδράσουν πολύ ικανοποιητικά στον σεισμό του 1999 (είχαν τοποθετηθεί στο μνημείο λίγους μόλις μήνες προ του μεγάλου σεισμού στην Τουρκία) ενώ εκτιμάται πως η σύνθεση και η ιδιοσυστασία του υλικού μπορούσε να αντέξει 7 ρίχτερ.
Εκτός από τα αντισεισμικά μυστικά, η έρευνα έχει εντοπίσει χαμένα ψηφιδωτά στο εσωτερικό της Αγίας Σοφίας. Ήδη μέσω διασκόπησης εντοπίστηκε και αποκαλύφθηκε το πρόσωπο ενός χερουβείμ στην αριστερή πλευρά του Ιερού, ενώ αναζητάται ακόμη ένα πρόσωπο χερουβείμ στην απέναντι πλευρά, νοτιοανατολικά του Ιερού
